吉首大学医学院组建于2000年9月。1978年原湖南医学院湘西分院并入吉首大学组建医疗系，1958年创办的吉首卫生学校于2000年9月并入吉首大学，与医疗系合并组建吉首大学医学院。2003年9月经教育部批准开始招收首届医学本科生。目前在校本科生、研究生共4100余人。我院办学理念与定位育人理念：仁心仁术·大医精诚；院训：明德惟馨，精医济世；办学定位：立足区域、服务基层；培养目标：培养“品德好、能力强、吃得苦、后劲足”的高素质应用型医学人才 。

我院全日制本科专业有：临床医学（含农村订单定向免费）、护理学、针灸推拿学、医学检验技术、康复治疗学。其中临床医学、护理学、针灸推拿学3个专业入选省一流本科专业建设点；临床医学专业是教育部第一批“卓越医生”教育培养计划改革试点专业和湖南省“十三五”专业综合改革试点专业；临床医学、护理学、针灸推拿学是湖南省一流本科专业。

医学院拥有临床医学、护理2个一级学科硕士专业学位授权点和基础医学一级学科硕士学术学位授权点。

在学院的大力推动和教师的自身努力下，学院取得了丰硕的教学、科研成果。近两年来，医学院教师主持国家自然科学基金地区项目15项，省自然科学三等奖1项，科技进步三等奖2项，校企合作项目3项，区域联合项目7项，湖南省教育厅科学研究重点项目3项、青年项目2项、一般项目1项。省级课题58项（重点3项），省级教学竞赛获二、三等奖5人次，校级教学成果特等奖1 项,1等奖2项，2等奖2项，发表教学改革论文15篇；主持湖南省普通本科高校教学改革研究重点项目3项、一般项目4项。以第一作者或通讯作者发表教学改革论文15篇，SCI150篇。

医学院坚持以立德树人为根本任务，恪守“明德惟馨，精医济世”的院训，秉承“仁心仁术•大医精诚”的育人理念，致力于培养具有以社会责任感为基础，以岗位胜任力和职业发展力为核心，具备扎实的基础理论知识和基本临床技能，同时兼具良好的人文医学执业技能和创新能力等潜质的高素质、强能力、应用型医学人才。